内设机构12个，分别是办公室、人事股、财务股、规划宣传与法制信息股、疾病预防控制股、职业健康股、医政医管股(体制改革股)、中医股、基层卫生与妇幼科技股、应急监督股、人口与家庭发展股、党建办公室。

1.办公室。负责机关日常运转工作，承担重大问题调研、重要文稿起草、政务公开、安全保密、行政后勤管理和档案管理等工作，组织协调建议提案的办理工作;负责重要会议的组织和会议决定事项的督办工作;指导监督卫生健康行业单位安全工作。

2.人事股。拟订卫生健康人才发展规划，承担局机关和所属事业单位的人事管理、人员考核和队伍建设等工作，配合有关部门组织实施全市卫生健康专业技术人员执业(职业)资格、晋升职称考试和评审工作。负责办理在职人员工资调整和到龄人员的退休手续。负责局机关和所属事业单位集体、个人表彰的审核报批工作。负责局机关和所属事业单位目标责任考核、干部选派相关工作。承担市直保健对象的医疗保健和公费医疗管理服务工作。组织指导卫生健康援外工作。承担机关及所属事业单位人员的因公出国(出境)等涉外管理工作。

3.财务股。承担机关和预算管理单位预决算、财务和资产管理工作，负责机关和所属事业单位内部审计工作。指导所属医疗卫生机构财务工作。

4.规划宣传与法制信息股。承担卫生健康战略统筹协调推进工作，组织拟订卫生健康事业发展中长期规划，承担统筹规划与协调优化卫生健康服务资源配置工作，拟订卫生健康事业规划的编制和实施。建立卫生健康服务体系和信息化建设，开展卫生健康统计工作。负责开展卫生健康工作领域宣传、健康教育、健康促进活动，承担卫生健康科学普及、新闻宣传和信息发布工作。

承担地方标准有关工作，承担规范性文件的合法性审查工作，承担行政复议、行政应诉工作，指导、组织推进法治建设，承担普法依法治理工作，承办有关卫生健康系统信访事项。承办爱国卫生运动的具体工作。牵头《烟草控制框架公约》履约有关工作。

5.疾病预防控制股。组织实施重大疾病防治规划、免疫接种等严重危害人民健康公共卫生问题的干预措施，完善疾病预防控制体系，依法管理传染病、慢性病、地方病的防治工作，承担法定报告传染病疫情信息发布工作。承担防治艾滋病、地方病日常工作。开展食品安全风险监测。

负责全市疾病预防控制网络、工作体系及信息化建设;领导市疾病预防控制机构业务工作，制定监督检查和考核评价办法并组织实施;执行国家检疫、监测传染病目录;拟订传染病相关公共卫生干预措施并组织实施;组织开展传染病防控效果评估;审核市疾病预防控制中心的监测预警等规划计划和应急预案，组织开展监测预警、免疫规划和隔离防控等相关工作，建立上下联动的分工协作机制;负责预防接种监督管理工作;规划指导传染病疫情监测预警体系建设，组织开展疫情监测、风险评估工作，提出预警决策和启动应急响应建议、发布疫情信息;建立健全跨部门、跨区域的疫情信息通报和共享机制;指导医疗机构等落实传染病疫情信息报告责任;统筹规划并监督管理全市医疗机构疾病预防控制工作，组织对全市医疗机构开展疾病预防控制工作的督导、检查和考核，建立疾病预防控制监督员制度并组织实施，拟订全市疾病预防控制系统队伍建设政策并组织实施;拟订全市意外伤害相关预防措施。

6.职业健康股。组织实施国家、省、吕梁市卫健委拟订的职业卫生、放射卫生相关政策及标准。开展重点职业病监测、专项调查、职业健康风险评估和职业人群健康管理工作。依法开展职业病防治工作。负责新建、改建、扩建工程项目和技术改造、技术引进项目的职业卫生“三同时”审查及监督检查。负责监督管理用人单位职业危害项目申报工作。组织指导并监督检查有关职业卫生培训工作。

7.医政医管股(体制改革股)。组织落实医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和安全、医疗服务、采供血机构管理以及行风建设等相关政策规范、标准，承担推进护理、康复事业发展工作，指导医院药事、临床实验室管理等工作。推进公立医院运行监管、绩效评价和考核制度的落实，指导监督医疗机构评审评价工作。协调推进分级诊疗制度建设。贯彻落实国家药物政策和国家基本药物制度，推进实施基本药物目录，开展药品使用监测、临床综合评价和短缺药品预警。会同有关部门提出基本药物目录内药品供应使用的鼓励扶持政策和药品价格政策的建议。协调推进药品供应保障制度建设。承担重要外宾在汾阳工作期间的医疗保障，承担重要会议、重大活动的医疗卫生保障工作。承担全市深化医药卫生体制改革具体工作，研究提出全市深化医药卫生体制改革政策、措施的建议，承担组织推进公立医院综合改革工作。建立完善的老年健康服务体系，贯彻协调落实医养结合政策、标准和规范，协同开展老年疾病防治、老年人医疗照护等老年健康工作。

8.中医股。贯彻落实国家、省、吕梁市中医药事业发展规划、政策和相关技术标准。落实中西医结合政策。指导中医药服务体系建设。组织实施中医药人才培养培训工作，促进中医药科技成果的转化、应用和推广，推进中医药文化继承发展。参与制定中药产业发展规划和产业政策。组织开展中医药对外交流合作。

9.基层卫生与妇幼科技股。组织实施基层卫生健康政策、标准、规范，指导基层卫生健康服务体系建设和乡村医生管理工作。承担农村和社区基本公共卫生服务项目综合管理工作。

拟订并组织实施全市卫生健康科技发展规划及相关政策，组织开展相关科研项目、医学重点学科建设、适宜技术推广工作。承担实验室生物安全监督工作。组织开展住院医师、全科医师、专科医师培训等毕业后医学教育和继续医学教育工作，协同指导医学院校教育。拟订妇幼卫生健康政策、规划、技术标准和规范并组织实施，推进妇幼健康服务体系建设，指导妇幼卫生、儿童卫生、生殖健康工作，推动生育全程服务、出生缺陷综合防治、婴幼儿早期发展，规范人类辅助生殖技术和避孕药具管理。

10.应急监督股。承担卫生应急和紧急医学救援工作，组织编制卫生应急专项预案，组织实施和指导监督预案演练。组织指导卫生应急体系和能力建设。依法提出发布突发公共卫生事件应急处置信息建议。承担公共卫生、医疗卫生等监督工作，查处医疗服务市场违法行为。组织开展学校卫生、公共场所卫生、饮用水卫生、环境卫生、传染病防治、职业卫生监督检查。完善卫生健康综合执法监督体系，落实综合行政执法改革，负责重大医疗卫生违法案件查处和跨区域执法的组织协调工作，指导规范执法行为。承担推进医疗卫生行业综合监管制度组织协调的具体工作。

负责传染病疫情应急相关工作。组织开展流行病学调查、检验检测、应急处置等工作;拟订应急预案并组织开展演练;负责全市疾病预防控制系统应急体系和能力建设，负责应急队伍、志愿者队伍建设;提出传染病疫情应急物资储备品种、数量等建议及应急状态下物资需求、分配意见;依法组织查处重大违法行为;健全卫生健康综合监督体系。

11.人口与家庭发展股。承担人口监测预警工作，研究提出促进人口与家庭发展的政策建议，落实生育政策并组织实施，建立和完善计划生育特殊家庭扶助制度，落实计划生育家庭奖励规定。

12.党建办公室。承担党组、机关党建和所属事业单位的党群工作。